El MIE es un programa de 24 cursos bimestrales. En modalidad de tiempo parcial se realiza en aproximadamente 2 años (30 créditos/semestre) junto a una actividad de graduación (un proyecto individual). Los cursos bimestrales se dividen en 16 cursos mínimos, que corresponden a un conjunto de disciplinas que deben formar parte del conocimiento del egresado, y 8 cursos optativos, que corresponden a una línea de profundización. El programa cuenta con un total de dos líneas de profundización: Energía y Medio Ambiente y Energía Nuclear.
El estudiante se integra a un proyecto relacionado con la energía en un Departamento de la Escuela de Ingeniería, bajo la supervisión directa de un profesor de la Escuela. En éste, realiza un análisis teórico, un estudio conceptual, una evaluación técnica-económica o un trabajo breve de experimentación, que involucre el conocimiento adquirido durante el Programa. Al término del trabajo realizado, el estudiante presenta un informe escrito y lo defiende frente a una Comisión. Este es un trabajo individual y la calificación es personal. El proyecto debe ser previamente aprobado por el Programa.
El informe realizado debe ser defendido individualmente en un examen oral y público, ante un Comité de Examen integrado por: